Buku Asal Usul Spesies mempunyai pengaruh popular yang besar, tetapi walaupun jualannya melebihi harapan penerbitnya, ia adalah buku teknikal dan bukannya karya sains popular: panjang, sukar difahami dan memiliki sedikit ilustrasi. Salah satu buku Haeckel telah banyak menjelaskan versi "Darwinisme" beliau kepada dunia. Ia adalah buku terlaris, dengan ilustrasi provokatif dalam bahasa Jerman, berjudul Natürliche Schöpfungsgeschichte, diterbitkan di Berlin pada 1868, dan diterjemahkan ke dalam bahasa Inggeris sebagai The History of Creation pada 1876. Sehingga 1909, sebelas edisi telah muncul, serta 25 terjemahan ke dalam bahasa lain. Natürliche Schöpfungsgeschichte mengukuhkan reputasi Haeckel sebagai salah satu ahli popular sains Jerman yang paling kuat. Welträthsel-nya dicetak semula sepuluh kali selepas penerbitan pertama buku itu pada 1899; akhirnya, lebih 400,000 salinan terjual.[48]

Haeckel berhujah bahawa evolusi manusia terdiri daripada tepat 22 fasa, fasa ke-21 - "hubungan hilang" - menjadi langkah separuh jalan antara beruk dan manusia. Malah, dia secara rasmi menamakan pautan yang hilang ini sebagai Pithecanthropus alalus, diterjemahkan sebagai "lelaki beruk tak bertutur".[49]

Hasil sastera Haeckel adalah meluas, termasuk banyak buku, kertas saintifik dan ilustrasi.[50]

Monograf

• Radiolaria (1862)
• Siphonophora (1869)
• Monera (1870)
• Span Berkapur (1872)

Laporan Challenger

• Medusae Laut Dalam (1881)
• Siphonophora (1888)
• Keratosa Laut Dalam (1889)
• Radiolaria (1887)